La profonda crisi che a partire dal XIV secolo investì il monachesimo, ebbe una forte accelerazione nel secolo successivo con la cessione in commenda (assegnazione provvisoria) dei benefici e dei beni delle abbazie ad alti dignitari ecclesiastici. Anche la badia di S.Maria di Agnano non sfuggì a questa regola.

Fondata verso il Mille in Valdambra, benedettina in origine, confluita successivamente nell'ordine camaldolese, a partire dalla seconda metà del secolo XV, insieme alla badia aretina di S.Maria in Gradi da essa dipendente, fu retta da abati commendatari nominati dal Papa. Questo fatto fece venire meno tutte quelle positive caratteristiche nel campo religioso, sociale ed economico, che avevano contrassegnato l'origine del monastero e contribuì a rompere quasi definitivamente lo stretto legame che univa la Badia al territorio e alla popolazione della Valdambra. Anche il centro direzionale ed economico fu posto in Arezzo presso S.Maria in Gradi, ribaltando la storica dipendenza fra le due badie.

L'omicidio dell'abate Giovanni Vincenzo Carleno, avvenuto nel 1562 in Agnano durante la celebrazione eucaristica, fu l'ultimo atto di circa 90 anni di commenda che concorsero alla decadenza generale del monastero, accentuando così i motivi di contrasto con la popolazione.

L'ultimo abate commendatario fu S.Carlo Borromeo, che, interpretando le esigenze di riforma e di rinnovamento del secolo XVI, nel 1564 riconsegnò "libere" le due badie a Camaldoli, da cui dipesero fino alla definitiva soppressione napoleonica. Nel 1566 il priore generale dell'ordine camaldolese prese possesso di Agnano e conservò ai monaci il titolo di curati e camarlinghi.

Con le disposizioni di Papa Innocenzo X del 15 ottobre 1652, in conseguenza di quanto prescriveva il concilio di Trento, la badia di Agnano fu soppressa e perse anche quel legame spirituale che aveva creato con la popolazione. Da quel momento, al pari di tanti altri conventini, terminò ogni esperienza monastica ad Agnano e persino la cura delle anime della parrocchia di S.Tiburzio venne affidata ad un sacerdote secolare, alla cui nomina provvide la badia di Arezzo fin dall'ottobre del 1653.

Il cospicuo patrimonio fondiario ed immobiliare, costituito in epoca medioevale, si mantenne quasi inalterato fino al XIX secolo, e al pari delle altre fattorie laiche fu gestito da un "agente", monaco o laico che provvedeva alle locazioni e alla riscossione dei canoni dei numerosi affittuari. Le entrate economiche che per il solo grano ammontavano a circa 1.200 staia all'anno (quelle di S.Maria in Gradi erano di circa 800 staia), furono utilizzate in funzione di interessi propri dell'ordine, con una minima ricaduta economica o sociale sul territorio, rivolta specialmente alla conservazione dei fabbricati della chiesa, del monastero e di poderi. Per mantenere integro il patrimonio e costante l'entrata economica, fu sovente necessario ricorrere a lunghi e complessi processi contro gli affittuari, verso i quali la Badia fu costretta a giustificare diritti e privilegi spesso anacronistici e che mal si conciliavano con i nuovi rapporti che si praticavano in agricoltura.

La Badia non agevolò il dinamismo nella realtà agricola, ma mirò al mantenimento della rendita divenendo così un elemento "frenante" lo sviluppo economico.

Ormai spogliata di tutte le originarie funzioni spirituali non offriva alla gente altro che l'inviso volto dell'esattore, estraneo alla cultura locale e non più solidale con la popolazione.

Anche la badia di S.Maria in Gradi, che era rimasta la struttura monastica di riferimento per "l'agenzia" di Agnano, fu soppressa nel 1783 a opera di Pietro Leopoldo.

Nell'ambito delle generali riforme granducali la riorganizzazione ecclesiastica rappresentò un momento essenziale per fare ordine da un punto di vista religioso ma soprattutto per finanziare le riforme stesse.

Si stabiliva che gli ordini monastici cooperassero, insieme al clero secolare, all'assistenza spirituale del popolo e fossero soggetti alla giurisdizione del vescovo.

L'alienazione dei benefici ecclesiastici, iniziata in epoca granducale, fu completata sotto il governo francese. Si realizzò così la ridistribuzione dei beni fondiari per lo più fra il ceto borghese ma anche fra gli abituali affittuari dei beni delle due badie.

Il 12 marzo 1811 i fratelli Tosi di Livorno acquistarono dall'Amministrazione del debito pubblico, per 18.132 franchi, il podere denominato Badia Agnano, che consisteva in una casa a uso di fattoria di 25 stanze, con orto (il fabbricato dell'antico monastero), e in due case da lavoratore e sedici pezzi di terra. Tutta questa proprietà acquistata dai Tosi con fini speculativi, passò nello stesso anno in mano alla famiglia Vannucci e successivamente in quella dei Mattei che tutt'oggi la detengono.

Dell'alienazione dei beni della Badia beneficiarono anche le famiglie dei Serristori e dei Ginori e quelle locali dei Vanneschi, Mattei, Rubeschi, Cini, Aldinucci.

(F.Sinatti; G.Ceccherini, La Badia di S.Maria di Agnano fra XVI e XIX secolo. Gruppo Ricerche Storiche Badia Agnano (Bucine) (Ar) "Come eravamo 1992"- Venerdì 26 giugno 1992 - incontro dibattito).